W miejscu tym wyjaśnić należy, iż przedsięwzięcia mogące znacząco oddziaływać na środowisko zostały wskazane w rozporządzeniu Rady Ministrów z dnia 9 listopada 2004 r. w sprawie określenia rodzajów przedsięwzięć mogących znacząco oddziaływać na środowisko oraz szczegółowych uwarunkowań związanych z kwalifikowaniem przedsięwzięcia do sporządzenia raportu o oddziaływaniu na środowisko (Dz. U. Nr 257, poz. 2573, z późn. zm.). Natomiast przedsięwzięcia mogące znacząco oddziaływać na obszar Natura 2000 to – zgodnie z art. 3 pkt 11a Prawa ochrony środowiska – działania, które mogą w znaczący sposób pogorszyć stan siedlisk przyrodniczych oraz siedlisk roślin i siedlisk zwierząt lub w inny sposób wpłynąć negatywnie na gatunki, dla ochrony których wyznaczono – w trybie ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody (Dz. U. z 2004 r. Nr 92, poz. 880, z późn. zm.) – obszar Natura 2000.

Wskazać należy, iż ewentualne oddziaływanie planowanego przedsięwzięcia na obszar Natura 2000 stwierdza – co do zasady – organ właściwy do wydania jednej z decyzji wyliczonych w art. 46 ust. 4 pkt 2-9 Prawa ochrony środowiska lub organ właściwy do przyjęcia jednego ze zgłoszeń, które zostały wymienione w art. 46 ust. 4a Prawa ochrony środowiska. I tak jeżeli organ właściwy do wydania decyzji, o której mowa w art. 46 ust. 4 pkt 2-9 Prawa ochrony środowiska, stwierdzi, iż planowane przedsięwzięcie może znacząco oddziaływać na obszar Natura 2000 i nie jest ono bezpośrednio związane z ochroną tego obszaru lub nie wynika z tej ochrony – o czym mowa w art. 46b ust. 1 Prawa ochrony środowiska – wydaje postanowienie o zawieszeniu postępowania do czasu uzyskania przez wnioskodawcę decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach zgody na realizację przedsięwzięcia. Natomiast zgodnie z art. 46b ust. 1a Prawa ochrony środowiska, jeżeli organ właściwy do przyjęcia zgłoszenia, o którym mowa w art. 46 ust. 4a Prawa ochrony środowiska, stwierdzi, że planowane przedsięwzięcie może znacząco oddziaływać na obszar Natura 2000 i nie jest ono bezpośrednio związane z ochroną tego obszaru lub nie wynika z tej ochrony, wydaje postanowienie o konieczności uzyskania przez zgłaszającego decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach zgody na realizację przedsięwzięcia. Wskazane powyżej postanowienia wydaje się – o czym mowa w art. 46b ust. 2 Prawa ochrony środowiska – po zasięgnięciu opinii wojewody, a na obszarach morskich – dyrektora urzędu morskiego. Jednocześnie zaznaczyć należy, iż w przypadku planowania przedsięwzięcia podlegającego regulacji zawartej w art. 46b ust. 1 Prawa ochrony środowiska lub przedsięwzięcia podlegającego regulacji zawartej w art. 46b ust. 1a Prawa ochrony środowiska wnioskodawca może – zgodnie z art. 46b ust. 3 Prawa ochrony środowiska – złożyć wniosek o wydanie decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach zgody na realizację przedsięwzięcia przed złożeniem wniosku o wydanie decyzji, o której mowa w art. 46 ust. 4 pkt 2-9 Prawa ochrony środowiska albo przed dokonaniem zgłoszenia, o którym mowa w art. 46 ust. 4a Prawa ochrony środowiska.

Zgodnie z art. 46 ust. 1 Prawa ochrony środowiska realizacja przedsięwzięcia mogącego znacząco oddziaływać na środowisko lub obszar Natura 2000 jest dopuszczalna wyłącznie po uzyskaniu decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach zgody na realizację przedsięwzięcia. Wydanie tej decyzji powinno nastąpić – co do zasady – przed uzyskaniem każdej z decyzji wskazanych w art. 46 ust. 4 Prawa ochrony środowiska lub przed dokonaniem któregokolwiek ze zgłoszeń wymienionych w art. 46 ust. 4a Prawa ochrony środowiska, przy czym jeżeli na terenie, na którym realizowane jest przedsięwzięcie, dla którego została wydana jedna z decyzji określonych w art. 46 ust. 4 Prawa ochrony środowiska lub dokonano zgłoszenia, o którym mowa w art. 46 ust. 4a Prawa ochrony środowiska, został wyznaczony obszar Natura 2000, uprawniony podmiot powinien złożyć wniosek o wydanie decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach w zakresie oddziaływania na obszar Natura 2000. Wniosek taki powinien być złożony – o czym mowa w art. 46 ust. 4f Prawa ochrony środowiska – w terminie 6 miesięcy od dnia wyznaczenia obszaru Natura 2000.