Postępowania administracyjne dotyczące samowoli budowlanych uregulowane zostały w art. 48-49 i 49b ustawy z dnia 7 lipca 1994 r. - Prawo budowlane, ale należy podkreślić, że przedmiotowe przepisy mogą mieć zastosowanie jedynie do robót budowlanych polegających na budowie obiektu budowlanego, a więc zgodnie z art. 3 pkt 6 ustawy - Prawo budowlane także jego odbudowie, rozbudowie, nadbudowie, wykonywanych bez wymaganego pozwolenia na budowę albo zgłoszenia, bądź też pomimo wniesienia sprzeciwu przez właściwy organ administracji architektoniczno-budowlanej.

Tym samym w przypadku innych robót budowlanych niż budowa obiektu budowlanego, wykonywanych bez wymaganego pozwolenia na budowę albo zgłoszenia, bądź też pomimo wniesienia sprzeciwu, zastosowanie mają przepisy art. 50-51 ustawy – Prawo budowlane. Zatem organy nadzoru budowlanego w przypadku nielegalnych robót budowlanych takich jak nadbudowa bądź rozbudowa obiektu mają obowiązek stosować
procedurę określoną w art. 48-49 bądź 49b ustawy - Prawo budowlane. Stosowanie w tym przypadku procedury naprawczej jest niedopuszczalne.

Według stanowiska GUNB obiekt budowlany, wybudowany lub będący w trakcie budowy bez wymaganego pozwolenia na budowę, może zostać tylko wtedy zalegalizowany, jeżeli spełnione są łącznie dwa podstawowe warunki, o których mowa w art. 48 ust. 2 ustawy - Prawo budowlane, tj. zgodność z przepisami o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym oraz przepisami techniczno-budowlanymi w zakresie umożliwiającym
doprowadzenia obiektu budowlanego do stanu zgodnego prawem. Jeżeli powiatowy inspektor nadzoru budowlanego oceni, że budowa jest zgodna z tymi przepisami, może wydać postanowienie o wstrzymaniu prowadzenia robót budowlanych wraz z określeniem wymagań
i dokumentów niezbędnych do zalegalizowania samowoli budowlanej.

Wydanie postanowienia o wstrzymaniu prowadzenia robót budowlanych rozpoczyna procedurę legalizacyjną. Natomiast w razie stwierdzenia niezgodności budowy np. z przepisami technicznymi lub z miejscowym planem zagospodarowania przestrzennego organ nadzoru budowlanego nie może wszcząć postępowania legalizacyjnego (wydając postanowienie wstrzymujące budowę) lecz jest zobowiązany nakazać rozbiórkę samowoli budowlanej. Według GUNB nie jest zatem dopuszczalne uruchamianie procedury legalizacyjnej, jeśli budowa nie spełnia łączenie ww. warunków. Ponadto inwestor zamierzający zalegalizować obiekt będzie zobowiązany dostarczyć organowi nadzoru budowlanego prowadzącemu postępowanie, dokumenty, o których mowa w art. 48 ust. 3 ustawy - Prawo budowlane tj. m. in. zaświadczenie wójta, burmistrza albo prezydenta miasta o zgodności budowy z ustaleniami obowiązującego miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego albo ostateczną decyzję o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu, w przypadku braku obowiązującego planu zagospodarowania przestrzennego, 4 egzemplarze projektu budowlanego wraz z opiniami, uzgodnieniami, pozwoleniami i innymi dokumentami wymaganymi przepisami szczególnymi oraz zaświadczeniem, o którym mowa w art. 12 ust. 7, aktualnym na dzień opracowania projektu, oświadczenie o posiadanym prawie do dysponowania nieruchomością na cele budowlane.

GUNB podkreślił, że wymaganą dokumentacje inwestor ma obowiązek dostarczyć w terminie określonym przez organ w postanowieniu. Przedłożenie w wyznaczonym terminie wymaganych dokumentów traktuje się jak wniosek o zatwierdzenie projektu budowlanego i pozwolenie na wznowienie robót budowlanych, jeżeli budowa nie została zakończona (art. 48 ust. 5 ustawy - Prawo budowlane). Według GUNB przedłożenie omawianej dokumentacji po terminie nie wywołuje skutków, o których mowa w ww. przepisie. Niedotrzymanie terminu oznacza niespełnienie nałożonych na inwestora obowiązków i również wiąże się z koniecznością wydania nakazu rozbiórki samowoli (zob. art. 48 ust. 4 ustawy - Prawo budowlane). Organ nie może w takim przypadku uchylać się od wydania takiego nakazu. Wydawane w tym postępowaniu na podstawie art. 48 ust. 2 ustawy - Prawo budowlane, postanowienie wstrzymujące prowadzenie robót budowlanych oznacza kategoryczny zakaz prowadzenia budowy. Powiatowi inspektorzy nadzoru budowlanego zobowiązani są kontrolować przestrzeganie tego zakazu.

Jednym z warunków zalegalizowania samowolnie wzniesionego obiektu jest uiszczenie opłaty legalizacyjnej. Sposób obliczenia jej wysokości precyzyjnie określają przepisy Prawa budowlanego. Należy przy tym zauważyć, że do opłaty legalizacyjnej stosuje się odpowiednio przepisy dotyczące kar, o których mowa w art. 59f ust. 1, z tym że stawka opłaty podlega pięćdziesięciokrotnemu podwyższeniu (zob. art. 49 ust. 2 ustawy – Prawo budowlane). Wzór określający sposób obliczania opłaty określa art. 59f ust. 1 ustawy - Prawo budowlane. Zgodnie z tym przepisem karę stanowi iloczyn stawki opłaty (s), współczynnika kategorii obiektu budowlanego (k) i współczynnika wielkości obiektu budowlanego (w). Stawka opłaty (s) wynosi 500 zł, natomiast kategorie obiektów, współczynnik kategorii obiektu oraz współczynnik wielkości obiektu określa załącznik do ustawy (zob. art. 59f ust. 2 i 3 ustawy - Prawo budowlane). Mając na uwadze przedmiotowe przepisy niedopuszczalne jest wyliczenie wysokości opłaty legalizacyjnej w oparciu o niewłaściwą kategorię obiektu czy inną stawkę opłaty. Organ nadzoru budowlanego nie może także legalizować samowoli budowlanych w ogóle z pominięciem opłaty legalizacyjnej. Również przy obliczaniu wysokości opłaty legalizacyjnej nie uwzględnia się takich czynników jak sytuacja rodzinna czy możliwości finansowe sprawcy samowoli budowlanej. Takie działania stanowią uszczuplenie dochodów budżetu państwa. Należy także podkreślić, że powiatowy inspektor nadzoru budowlanego nie jest uprawniony do decydowania o rozłożeniu opłaty legalizacyjnej na raty. Uprawnienia organu podatkowego w tym zakresie przysługują wojewodzie (zob. art. 59g ust. 5 ustawy - Prawo budowlane).